申請作業指引
2013年公告之申請作業指引中，明訂非傳統性食品原料之定義（見下表）、申請程序與作業流程，以及安全性評估必須檢具之資料與申請書，供食品業者遵循。
| 定義 | |
|---|---|
| 1. | 『於臺灣境內無食用歷史(經驗)[1]者;或有食用歷史，惟尚未攝取至一定經驗程度者，如僅有某特定區域或族群之消費者食用經驗』 |
| 2. | 『傳統性食品原料經由非傳統方式培育、繁殖程序或新穎之食品加工製程，而導致食品的組成或結構改變者(不包含已訂定規範之食品，如基因改造食品或輻射照射處理食品) |
[1] 食用歷史（經驗）係指該原料食用時間達2～3世代，約30～50年(非傳統性食品原料申請作業指引, 2013）。
申請評估流程採階段式，可分為兩階段。在進行實際的安全性評估審查前，先將原料基本資料以指引中附件一『判定是否為非傳統性食品原料之問卷』格式填妥，送至衛生福利部進行資料審查，判斷原料是否落入『非傳統性食品原料』範圍內，或實屬其他如中草藥成分原料、西藥成分，或傳統食品原料等範疇。若判斷屬於非傳統性食品原料，則再提出第二階段安全性評估審查申請，若屬其他範圍，則會通知申請者進行圖一相對應的申請。完整申請流程圖請參見下圖一。
申請通過的食品原料將加入『可供食品使用原料彙整一覽表』，以微生物而言，審核通過後一般以『種』名加入清單，除非該原料是特定菌株限定，才會以『菌株名』方式列於清單中。
